La importancia de la hipnosis en el proceso de Biodesprogramación permite de manera breve y efectiva entrar en comunicación con el inconsciente para poder llegar a información que está muy profunda y que salga a flote y ayude al consultante a encontrar causas, situaciones o razones de lo que le está afectando su salud o su comportamiento. Al acceder a estos archivos, también se tiene la posibilidad de que el consultante por su cuenta encuentre nuevos recursos, con el acompañamiento del terapeuta, que le permiten genera unos nuevos circuitos neuronales y por tanto, generar un cambio o sanar su síntoma.

Este proceso se puede hacer gracias a la neuro plasticidad del cerebro al generarse nuevas dendritas que hacen nuevas conexiones y desechar otras conexiones, lo que genera los cambios, la sanación, el perdón y la paz interior del consultante. Igualmente, se logra gracias a que el cerebro no distingue entra la realidad y la fantasía, por lo cual llega a generar nuevos circuitos e implantar nuevos recursos para solucionar la situación que el consultante quiera resolver.